कोटक बैंक मुज़फ्फरनगर एमआईसीआर कोड एक मशीन पठनीय कोड है, जिसका उपयोग चेक के प्रसंस्करण और निकासी के लिए किया जाता है। यह एक ९ अंकों का कोड है, जिसके पहले ३ अंक शहर, अगले ३ अंक बैंक और अंत के ३ अंक शाखा का प्रतिनिधित्व करते हैं। मुज़फ्फरनगर शाखा के लिए कोटक बैंक का एमआईसीआर कोड 0 है। मुज़फ्फरनगर शाखा के लिए एमआईसीआर कोड में दस्तावेज़ प्रकार संकेतक, बैंक कोड, चेक नंबर आदि भी शामिल हैं। जब कोई चेक क्लियरिंग के लिए जाता है, तो यह कोड एक चुंबकीय रीडर द्वारा पढ़ा जाता है और फिर स्वचालित रूप से सॉर्ट किया जाता है।